Открывая файлы, перенесенные в Linux из Windows, часто можно наблюдать, что все строчки заканчиваются спецсимволом переноса ^M:

Есть несколько простых способов удалить их. Например, можно воспользоваться инструментарием утилиты sed или редактора vi:

• В первом случае, пишем в терминале команду:
  sed -e "s/^M//" filename > newfilename
  Чтобы ввести ^M, нажимаем CTRL-V, затем CTRL-M.
• В случае с vi открываем файл в редакторе (vi filename) и вводим команду:
  :%s/^M//g
  Ввод ^M аналогичен предыдущему.

Ссылки:

• http://its.ucsc.edu/unix-timeshare/tutorials/clean-ctrl-m.html