При работе с базами данных в MySQL рано или поздно начинает полнеть файл ibdata1. Этот файл содержит в себе индексы и данные всех innodb таблиц, если не было указано в настройках иное. При работе с крупными базами рекомендуется использовать опцию innodb_file_per_table, тогда этот файл будет гораздо меньше. Но просто добавлением опции дело не исправить, необходимо переложить все таблицы имеющихся баз руками в отдельные файлы и папки.
Читать далее